„Aquarion Logos” śledzi losy młodzieży obdarzonej zdolnościami specjalnymi, których celem jest ochrona świata przed zagładą. Dwanaście tysięcy lat temu ludzkie głosy określały istotę wszystkich rzeczy, dopóki wynalazek pisma nie stworzył świata Logos—wymiaru pośredniego między rzeczywistością głosu a prawdą. Współcześnie świat Logos uległ rozrostowi i wymknął się spod kontroli, a czarownik imieniem Sōgon Kenzaki tworzy niebezpieczne istoty zwane MJBK (Menace of Japanese with Biological Kinetic energy), które zagrażają równowadze.
By im przeciwdziałać, organizacja DEAVA zbiera drużynę młodych ludzi obdarzonych mocą werbalizmu. Centralną postacią jest Akira Kaibuki—chłopak deklarujący siebie jako zbawcę, mieszkający w Asagaya, który wraz z grupą pilotuje potężne maszyny zwane Aquarionami, aby ocalić ludzkość. Oprócz starć z potwornymi MJBK, Akira oraz jego towarzysze stają wobec wzajemnych relacji oraz poszukiwań swojej własnej tożsamości i przeznaczenia. Seria utrzymana jest w klimacie pełnym akcji, dramatyzmu, jak również subtelnych nut romantycznych.
