Historia kontynuuje przygody młodego nauczyciela Daisuke Aokiego oraz jego pełnej energii klasy trzecieklasistów, wśród których wyróżnia się rezolutna, lecz równie problematyczna uczennica Rin Kokonoe. Rozpoczynający się drugi semestr przynosi nowe wyzwania, a relacja między Rin, pragnącą za wszelką cenę zwrócić na siebie uwagę ukochanego nauczyciela, a Aokim, starającym się ustanowić jasne granice wychowawcze, staje się jeszcze bardziej skomplikowana. Historia podejmuje się trudnych i kontrowersyjnych kwestii dojrzewania, pierwszych fascynacji oraz odpowiedzialności dorosłych wobec dzieci. „Kodomo no Jikan: Ni Gakki” utrzymuje charakterystyczny balans między humorem a dramatem, ukazując nie tylko szkolną codzienność, ale również dylematy moralne, jakie stają przed pedagogami i ich podopiecznymi.
