Dziesięcioletni chłopiec Negi Springfield jest wyjątkowo uzdolnionym początkującym magiem, który jako ostateczny egzamin musi zostać nauczycielem w Japonii. Trafia do szkoły żeńskiej Mahora Academy, gdzie obejmuje klasę gimnazjalną liczącą aż 31 uczennic. W nowym środowisku Negi stawia czoła wyzwaniom codziennego życia szkolnego pełnego humorystycznych nieporozumień, nietypowych sytuacji i nieoczekiwanych uczuć, jednocześnie starając się zdobyć szacunek swoich podopiecznych. Wkrótce bohater będzie musiał również wykorzystać swe niezwykłe zdolności magiczne, by ochronić uczennice przed zagrożeniami, o których istnieniu nawet nie podejrzewał. „Mahou Sensei Negima!” to komediowa opowieść fantasy pełna szkolnych przyjaźni, magii i radośnie chaotycznych przygód, przeplatanych elementami akcji oraz ciepłego, pogodnego humoru.