Akcja anime rozgrywa się dekadę po wydarzeniach z gry Persona 3, przenosząc widzów do malowniczego nadmorskiego miasta Ayanagi, gdzie mieszkańców zaczynają dręczyć dziwne zniknięcia i tajemnicze incydenty. W centrum historii znajduje się trójka rodzeństwa Kanzato – Shin, Jun i ich starszy brat Ryou, pełniący funkcję lokalnego policjanta. Po latach rozłąki bracia odnawiają relacje, odkrywając jednocześnie niezwykłe zdolności umożliwiające im przywoływanie tajemniczych istot, znanych jako „Persona”. Wraz z nasilającymi się incydentami, młodzi bohaterowie będą musieli stawić czoła ciemnej stronie miasta, poznać prawdę na temat własnej przeszłości i zmierzyć się z konfliktem rozgrywającym się na granicy rzeczywistości i podświadomości. Persona: Trinity Soul utrzymuje poważny, tajemniczy klimat, skupiając się na rozwoju bohaterów, relacjach rodzinnych oraz zagadce, która może zagrozić całej ich społeczności.
