Akcja „Saber Marionette R” rozgrywa się w odległej przyszłości, w mieście Romana, na skolonizowanej planecie, gdzie z powodu niedoboru kobiet społeczeństwo opiera się niemal wyłącznie na mężczyznach. By wypełnić tę lukę, powstały marionetki – zaawansowane androidy o kobiecych cechach osobowości i wyglądu. Historia skupia się na losach trzech niezwykłych marionetek: Lime, Cherry i Bloodberry, będących w posiadaniu młodego chłopaka o imieniu Junior. Gdy tajemniczy wróg zagraża pokojowi mieszkańców Romany, Junior wraz ze swoimi dziewczynami-marionetkami musi zmierzyć się zarówno z przeciwnikami zewnętrznymi, jak i wyzwaniami swoich relacji. Seria utrzymana jest w lekkim, komediowym tonie, jednak zawiera też sporo akcji i emocjonalnych momentów, które poruszają kwestie człowieczeństwa, miłości i przywiązania pomiędzy ludźmi a androidami.
