Jest rok 1926, alternatywna era Taishou w Japonii. Tokio rozwija się dynamicznie, łącząc niezwykły postęp technologiczny z klasycznym urokiem dawnych lat. Specjalna kobieca jednostka teatralno-wojskowa, znana jako Imperialna Grupa Szturmowa Kwiatu Wiśni, stoi na straży pokoju, chroniąc miasto przed tajemniczymi zagrożeniami przy pomocy specjalnych mechów zwanych Kobu.
W centrum wydarzeń znajduje się młoda i energiczna dowódczyni Sakura Shinguji oraz jej towarzyszki, które poza oficjalnymi przedstawieniami teatralnymi walczą w ukryciu, przeciwstawiając się mrocznym planom nowopowstałej, konkurencyjnej technologii grożącej zdestabilizowaniem świata. Stojąc przed trudnym wyborem i serią niebezpiecznych wyzwań, grupa musi połączyć siły, by ocalić nie tylko Tokio, ale również swoją przyjaźń i ideały. Film łączy elementy science-fiction, akcji, romansu i humoru, tworząc pełną emocji i dramatyzmu opowieść utrzymaną w duchu nostalgicznej i romantycznej atmosfery serii „Sakura Wars”.
