Jest rok 1941, era Taishou trwa nadal dzięki zaawansowanej technologii opartej na parze i duchowej energii. Tokio chronione przez Cesarską Dywizję Szturmową, grupę młodych kobiet o niezwykłych zdolnościach, korzystających z mechów, funkcjonuje zarówno jako strażniczka pokoju, jak i popularny teatr kwiatowy. Kapitanem tej drużyny zostaje młoda i odważna Sakura Amamiya, która dąży do odbudowy świetności zespołu po niedawnych niepowodzeniach. Jednak spokój miasta jest zagrożony przez tajemniczą i potężną siłę demonów, które coraz śmielej atakują i zagrażają bezpieczeństwu mieszkańców. Sakura i jej drużyna muszą stanąć na wysokości zadania, stawić czoła własnym wątpliwościom i odbudować utracone zaufanie społeczeństwa. Shin Sakura Taisen the Animation to pełna akcji, humoru oraz lekko romantycznych akcentów opowieść o bohaterstwie, przyjaźni i determinacji w obliczu nadchodzącej ciemności.