Akcja anime toczy się pod koniec XX wieku, gdy Układ Słoneczny staje w obliczu zagrażającej Ziemi katastrofy kosmicznej – zbliżenia się tajemniczej planety określanej jako La-Metal. Ludzkość, zaniepokojona zagrożeniem, szuka sposobów, by uniknąć katastrofy. Głównym bohaterem historii jest młody chłopak imieniem Hajime Amamori, którego życie zmienia się całkowicie po spotkaniu z tajemniczą i piękną kobietą o imieniu Yayoi Yukino. Yayoi okazuje się być tytułową królową tysiąca lat, osobą mającą kluczowy wpływ na losy Ziemi i planety La-Metal.

Pełna tajemnic i intryg, seria przedstawia dramatyczną walkę o ocalenie ludzkości oraz ukazuje napięcia między obowiązkiem wobec własnej cywilizacji a uczuciami i więziami, jakie tworzą się między bohaterami. Historia utrzymana jest w poważnym tonie, wzbogaconym filozoficznymi pytaniami o miejsce człowieka we wszechświecie oraz odpowiedzialność jednostki w obliczu globalnego zagrożenia.