„Dragonaut: The Resonance” to fascynująca opowieść o zagrożeniu z kosmosu, które objawiło się w postaci asteroidy nazywanej Thanatos, niszczy Pluto i zmierza ku Ziemi. Dzieje się to dwadzieścia lat przed rozpoczynającą się historią. W trosce o przetrwanie planety, Międzynarodowa Agencja Rozwoju Układu Słonecznego (ISDA) tworzy tajemniczy „D-Project”, powołując do życia „Dragonautów” – potężne istoty przypominające smoki, stworzone w oparciu o znalezione na dnie oceanu jajko. Ich główne zadanie polega na zniszczeniu Thanatosa. Wkrótce jednak okazuje się, że asteroida nie jest jedynym zagrożeniem. Pojawiają się bowiem na Ziemi potężne, niszczycielskie stwory przypominające smoki.
Jin Kamishina, osiemnastoletni chłopiec, samotny po śmierci rodziców w katastrofie wahadłowca, po przypadkowym zaangażowaniu się w morderstwo przeprowadzone przez jednego z tych smoków, zostaje wybrany na pilota Dragonaut. Podróżuje z nim tajemnicza dziewczyna Toa, która uratowała go od pewnej śmierci. Im głębiej zagłębiają się w tajemnice smoków, tym więcej spotykają nowych przyjaciół i wrogów, a ich relacja staje się coraz bliższa.