„Human Lost: Ningen Shikkaku” to dystopijna opowieść rozgrywająca się pół wieku po wojnie, która zniszczyła Japonię. Dzięki zaawansowanym badaniom nad nanomaszynami i medycyną, nowe społeczeństwo gwarantuje życie wolne od chorób poprzez sieć o nazwie Sound Health Everlasting Long Life (SHELL). W zamian jednak ludzie są zobowiązani do pracy przez 19 godzin dziennie. Kiedy ktoś odłącza się od systemu SHELL, dzieje się rzadkie zjawisko zwane „Human Lost”, transformujące ludzi w potwory zwane „Lost”. Pracownik fabryki Takeichi i malarz Youzou Ooba, buntują się przeciwko tym nieludzkim warunkom. Po niepowodzeniu ich samobójczej misji, obaj przekształcają się w potwory. Z pomocą przychodzi członkini zespołu, Yoshiko Hiiragi, która odkrywa, że Youzou ma unikalną zdolność powrotu do formy ludzkiej. Wraz z Yoshiko, Youzou zaczyna badać coraz częstsze przypadki zjawiska „Human Lost”, które zagrażają ostatniemu szansie na odrodzenie cywilizacji.