„PetoPeto-san” to historia o starożytnej rywalizacji i nieporozumieniach, które ostatecznie doprowadzają do zaktywkowania Youkai w japońskiej społeczności. W ramach próby integracji, normalne dzieci zaczynają chodzić do szkoły z paranormalnymi stworzeniami, które są dość humanoidalne. Shingo Ohashi rozwija uczucia do Hatoko „Petoko” Fujimury, pół-Youkai, pół-człowieka o niesamowitych zdolnościach. Może ona oczarować tych dookoła swoją niewiarygodną urodą, zniknąć nawet na poziomie cząsteczkowym, a także, po dotknięciu jej gołej skóry, przyczepić się do danej osoby (co można zniwelować tylko jej zaśnięciem).