W odległej przyszłości technologia pozwala ludziom zastąpić swoje słabe, naturalne ciała niemal nieśmiertelnymi mechanicznymi powłokami. W tym świecie młody chłopak, Tetsurou Hoshino, marzy o uzyskaniu mechanicznego ciała, aby zemścić się za tragiczną śmierć swojej matki. Aby spełnić ten cel, Tetsurou musi dostać się na tajemniczą planetę, gdzie rzekomo można otrzymać ciało cyborga bez opłat. Jego jedyną szansą jest podróż kosmicznym pociągiem zwanym Galaxy Express 999. Towarzyszy mu enigmatyczna kobieta imieniem Maetel, z którą przemierza galaktykę, mierząc się z różnorodnymi niebezpieczeństwami, a także odkrywając głębsze znaczenie ludzkiego życia i konsekwencje zamiany ludzkiego ciała na maszynę. „Ginga Tetsudou 999” łączy klimatyczną podróż przez gwiazdy z refleksją nad człowieczeństwem, pozostając wzruszającą i melancholijną opowieścią o dorastaniu, stracie i wartości, jaką niesie ze sobą ludzkie istnienie.
