W niedalekiej przyszłości Japonia zmaga się z poważnym kryzysem gospodarczym oraz napiętą sytuacją polityczną. Aby uchronić kraj przed zagrożeniami zewnętrznymi, rząd postanawia utworzyć specjalną szkołę wojskową, która rekrutuje młodych uczniów i przygotowuje ich do obrony państwa. Historia skupia się głównie na Touko Natori, nastoletniej uczennicy, która ponad wszystko chce prowadzić normalne życie. Jej los drastycznie się zmienia, gdy nagle zostaje zmuszona do walki przeciw uzbrojonej organizacji terrorystycznej. Teraz Touko i jej koledzy muszą stanąć oko w oko z bezwzględnym przeciwnikiem i własnymi wewnętrznymi dylematami. „Busou Chuugakusei: Basket Army” to dynamiczne anime pełne akcji i dramatu, które porusza kwestie młodości, odwagi i odpowiedzialności w obliczu wojny.
