„Coppelion” to intrygująca historia o trzech dziewczynach – Ibara Naruse, Aoi Fukasaku i Taeko Nomura, które na pierwszy rzut oka wyglądają jak zwyczajne, beztroskie licealistki. Jednak nic nie jest tu normalne – miejsca, które odwiedzają i otaczający je świat, to Tokio zdewastowane przez katastrofę nuklearną 20 lat temu. Dziewczyny są częścią sił specjalnych Coppelion, znanego jako zespół Health Care. Z pomocą Japońskich Sił Samoobrony i pułkownika Oniheia Mishimy przemierzają upiornie ciche ulice w poszukiwaniu ocalałych. Codziennie ewakuują ostatnich ocalałych ludzi, ale im dalej w ich pracę, tym bardziej zaczynają zastanawiać się nad swoją ludzkością – w szczególności, jak one same mogą przetrwać w Tokio bez żadnej ochrony.