„Future GPX Cyber Formula Zero” to historia o Hayato Kazami, który po nieszczęśliwym wypadku podczas 12. Grand Prix Cyber Formula World, musi wycofać się z reszty sezonu. Jego ciało i chęć do dalszych wyścigów zostają poważnie naruszone. Staroświecka przyjaciółka, Asuka Sugo, pomaga mu wrócić do zdrowia, co skłania Hayato do złożenia jej obietnicy, że już nigdy nie będzie ścigał się. Jednak Hayato zaczyna wątpić, czy na pewno chce odejść na sportową emeryturę, i postanawia wrócić na tor. W tle rozgrywa się 13. Grand Prix Cyber Formula World, Hayato musi znów nabrać formy, zyskać ponowne zaufanie Asuka, której obietnicy złamał, i przeciwstawić się nikczemnym zamiarom Henrego Claytona. Cała ta walka ukazuje prawdziwą przyczynę wypadku Hayato – „Zero Zone”.